Plateforme MGX
MGX – Montpellier GenomiX
Le plateau IGF de la plateforme MGX-Montpellier GenomiX propose à la communauté scientifique et aux entreprises de biotechnologie un panel varié de techniques en génomique basées sur le séquençage très haut débit (NGS). Elle est ouverte aux laboratoires montpelliérains, français ou étrangers des domaines biologie-santé, agronomie, environnement et biodiversité-évolution.
Certaines de ces applications peuvent être réalisées sur cellules uniques, en suspension ou sur des coupes d’organes, en particulier transcriptomique et accessibilité de la chromatine.
Le plateau propose également l’analyse statistique des données NGS pour un grand nombre des applications citées ci-dessus.
Le plateau emploie 11 personnes et a réalisé en 2023 124 projets pour 80 équipes de 49 laboratoires et une entreprise privée. Il est équipé de séquenceurs Illumina (NovaSeq, MiniSeq) et Oxford Nanopore Technologies (MinION), de robots pour la préparation des banques et leur quantification (2 robots mosquito HV et 2 robots Freedom EVO) et de divers matériels pour le contrôle qualité des échantillons et des banques (Fragment Analyzer, Qbit, machines PCR…). Il dispose également d’un appareil de microfluidique pour la transcriptomique sur cellules uniques (Chromium 10X Genomics). Il met en place actuellement des techniques de transcriptomique spatiale basées sur le NGS.
Le plateau est certifié ISO9001 et NFX50-900. Il est labélisé par IBiSA (www.ibisa.net) et fait partie du noyau central de l’infrastructure nationale France Génomique (www.france-genomique.org). Plus d’informations ici : https://www.mgx.cnrs.fr/.
IGF Sud 022
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IGF Sud 021 04 34 35 92 41
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IGF Sud 020 04 34 35 92 39Publications IGF
- Salles J, Eddiry S, Amri S, Galindo M, Lacassagne E, George S, Mialhe X, Lhuillier É, Franchitto N, Jeanneteau F, Gennero I, Salles JP, Tauber M. Differential DNA methylation in iPSC-derived dopaminergic neurons: a step forward on the role of SNORD116 microdeletion in the pathophysiology of addictive behavior in Prader-Willi syndrome. Mol Psychiatry. 2024 Apr 2. doi: 10.1038/s41380-024-02542-4.
- Puighermanal E, Castell L, Esteve-Codina A, Melser S, Kaganovsky K, Zussy C, Boubaker-Vitre J, Gut M, Rialle S, Kellendonk C, Sanz E, Quintana A, Marsicano G, Martin M, Rubinstein M, Girault JA, Ding JB, Valjent E. Functional and molecular heterogeneity of D2R neurons along dorsal ventral axis in the striatum. Nat Commun. 11:1957. doi: 10.1038/s41467-020-15716-9.
- Reynès C, Kister G, Rohmer M, Bouschet T, Varrault A, Dubois E, Rialle S, Journot L, Sabatier R. ISoLDE: a data-driven statistical method for the inference of allelic imbalance in datasets with reciprocal crosses. Bioinformatics. 2020, 36:504-513 doi: 10.1093/bioinformatics/btz564
- Baudement MO, Cournac A, Court F, Seveno M, Parrinello H, Reynes C, Sabatier R, Bouschet T, Yi Z, Sallis S, Tancelin M, Rebouissou C, Cathala G, Lesne A, Mozziconacci J, Journot L, Forné T. High-salt-recovered sequences are associated with the active chromosomal compartment and with large ribonucleoprotein complexes including nuclear bodies. Genome Res. 2020, 28:1733-46
Publications extérieures à l’IGF
- Leiba J, Sipka T, Begon-Pescia C, Bernardello M, Tairi S, Bossi L, Gonzalez AA, Mialhe X, Gualda E, Loza-Alvarez P, Blanc-Potard A, Lutfalla G, Nguyen-Chi ME (2024) Dynamics of macrophage polarization support Salmonella persistence in a whole living organism. Elife. 13:e89828. doi: 10.7554/eLife.89828. PMID: 38224094.
- Kuhl H, Euclide PT, Klopp C, Cabau C, Zahm M, Lopez-Roques C, Iampietro C, Kuchly C, Donnadieu C, Feron R, Parrinello H, Poncet C, Jaffrelo L, Confolent C, Wen M, Herpin A, Jouanno E, Bestin A, Haffray P, Morvezen R, de Almeida TR, Lecocq T, Schaerlinger B, Chardard D, Żarski D, Larson WA, Postlethwait JH, Timirkhanov S, Kloas W, Wuertz S, Stöck M, Guiguen Y. Multi-genome comparisons reveal gain-and-loss evolution of anti-Mullerian hormone receptor type 2 as a candidate master sex-determining gene in Percidae. BMC Bio 2024 Jun 26;22(1):141. doi: 10.1186/s12915-024-01935-9. PMID: 38926709
- Esnault C, Magat T, Zine El Aabidine A, Garcia-Oliver E, Cucchiarini A, Bouchouika S, Lleres D, Goerke L, Luo Y, Verga D, Lacroix L, Feil R, Spicuglia S, Mergny JL, Andrau JC (2023) G4access identifies G-quadruplexes and their associations with open chromatin and imprinting control regions. Nat Genet. 55:1359-69. doi: 10.1038/s41588-023-01437-4.
- Boulanger M, Aqrouq M, Tempé D, Kifagi C, Ristic M, Akl D, Hallal R, Carusi A, Gabellier L, de Toledo M, Sigurdsson J-O, Kaoma T, Andrieu-Soler C, Forné T, Soler E, Hicheri Y, Gueret E, Vallar L, Olsen JV, Cartron G, Piechaczyk M, Bossis G. DeSUMOylation of chromatin-bound proteins limits the rapid transcriptional reprogramming induced by daunorubicin in acute myeloid leukemias. Nucleic Acids Res. 2023, 51:8413-33. doi: 10.1093/nar/gkad581.
- Jay P, Chouteau M, Whibley A, Bastide H, Parrinello H, Llaurens V, Joron M. Mutation load at a mimicry supergene sheds new light on the evolution of inversion polymorphisms. Nat Genet. 2021, 53:288-293 doi: 10.1038/s41588-020-00771-1.
- Du K, Stöck M, Kneitz S, Klopp C, Woltering JM, Adolfi MC, Feron R, Prokopov D, Makunin A, Kichigin I, Schmidt C, Fischer P, Kuhl H, Wuertz S, Gessner J, Kloas W, Cabau C, Iampietro C, Parrinello H, Tomlinson C, Journot L, Postlethwait JH, Braasch I, Trifonov V, Warren WC, Meyer A, Guiguen Y, Schartl M. The sterlet sturgeon genome sequence and the mechanisms of segmental rediploidization. Nat Ecol Evol. 2020 Jun;4(6):841-852. doi: 10.1038/s41559-020-1166-x. PMID: 32231327
