Équipe Laurent JOURNOT
Génomique fonctionnelle des gènes soumis à empreinte parentale
Projet Rôle des gènes soumis à empreinte parentale dans le neurodéveloppement
RESPONSABLE
Personnel IGF impliqué
Anne-Charlotte FROMAGET
Thèse INSERM
Anne LE DIGARCHER
AI CNRS
Annie VARRAULT
CRHC CNRS
Les gènes soumis à empreinte sont impliqués dans des troubles du neurodéveloppement dont les étiologies demeurent mal comprises. Pour comprendre comment les gènes à empreinte affectent le neurodéveloppement, nous utilisons un modèle de différenciation de cellules souches embryonnaires en organoïdes cérébraux qui récapitule le neurodéveloppement et l’empreinte génomique in vivo, couplé à des outils d’ingénierie génétique basés sur le CRISPR/Cas9 (Figure 1). Ces organoïdes perte ou gain de fonction pour le gène à empreinte d’intérêt sont alors analysés par des techniques hautement résolutives (RNA-seq, TT-seq, Cut & Run…).
Modèle d’étude du rôle des gènes soumis à empreinte parentale dans le neurodéveloppement.
Des cellules souches embryonnaires de souris (mESCs) présentant un gain ou une perte de fonction pour le gène à empreinte d’intérêt sont générées par CRISPR/Cas9 (CRISPR inhibition ou activation pour réprimer ou activer la transcription respectivement, et CRISPR édition pour introduire un codon stop prématuré).
Ces mESCs modifiées par CRISPR sont ensuite différenciées en organoïdes cérébraux et analysées pour une série de paramètres, y compris le destin cellulaire.
D’après Le Digarcher A., et al., Neuromethods, 2022.
Principales publications
• Kumar P., et al. (2023) Frontiers in Genetics;14,1147222
• Le Digarcher A., et al. (2022), Neuromethods, vol 185
• Varrault A., et al. (2018), Stem Cells, 36(2)
• Bouschet T., et al. (2017), Cerebral Cortex, 1;27
Financements
• 2023-2027 ANR CORGI – Porteur
• 2023-2026 ANR COBIOSTEM- Partenaire
Collaborations
• Philippe ARNAUD (Clermont-Ferrand)
• Afsaneh GAILLARD (Poitiers)
• Louis LEFEBVRE (Vancouver)
